Die Gesamtplanung ist eine Übersicht über alle Arbeiten, Kontrollen und Tätigkeiten, die im Safety Management System oder Betriebssicherheitssystem: die Gesamtheit aller im Handbuch beschriebenen Maßnahmen, Dokumentationen und Abläufe, die darauf abzielen, die Sicherheit an Bord und den Schutz der Umwelt zu gewährleisten und, wo nötig, zu verbessern. Teil I Kap. 1.2 beschrieben werden. Sie wird größtenteils bereits vor Beginn der Fahrsaison aufgestellt und kann während der Saison geändert und angepasst werden, etwa wenn sich eine geplante Kontrollfrequenz als nicht angemessen herausstellt.
Im Verfallskalender wird vermerkt, wenn eine in der Gesamtplanung enthaltene Kontrolle der Verfallsdaten der Sicherheitsausrüstung durchgeführt wurde.
Über jede Übung der Notfallabläufe wird ein kurzer Bericht verfasst (Protokoll Notfallübung). Ergibt sich bei einer Übung Verbesserungsbedarf für die Abläufe oder Umstände, werden zusätzlich ein oder mehrere Zwischenfallsberichte ausgefüllt.
Bei der Instandhaltung wird festgehalten, dass, wann und durch wen die in der Gesamtplanung festgelegten Wartungsarbeiten durchgeführt wurden.
Zwischenfalls- und Unfallberichte werden in Teil II abgelegt: Solange ein Bericht nicht vollständig bearbeitet ist, wird er im Abschnitt „offen" geführt; ist ein Fall abschließend bearbeitet, wird er im Abschnitt „abgeschlossen" archiviert. Die Prioritäten „hoch", „mittel" und „niedrig" unterliegen keinem festen Einstufungssystem, sondern werden nach eigener Einschätzung des Berichtverfassers gewählt.
Die Prüflisten in Teil II (z. B. Reisevorbereitung, Auslaufen, Betrieb der Hauptmaschine und des Hilfsdiesels) dienen als Hilfestellung bei komplexen und wichtigen Aufgaben. Ein dokumentarisches Abheften ist nicht notwendig, kann aber – beispielsweise bei Abweichungen vom üblichen Ablauf – erfolgen.